Nagyobb FFPE-szövetterületek vizsgálatára fejlesztett chipet az MGI
Az MGI bemutatta a Stereo-seq OMNI Large Chip Design megoldást, amely nagyobb, formalinnal fixált és paraffinba ágyazott szövetminták térbeli vizsgálatát célozza. A kialakítás egyetlen kísérletben akár 2×3 centiméteres területek elemzését is lehetővé teheti.
- Az MGI bemutatta a Stereo-seq OMNI Large Chip Design for FFPE megoldást.
- A kialakítás legfeljebb 2×3 centiméteres chipformátumokhoz készült.
- A rendszer nagyobb szövetek, több metszet és szöveti mikrotömbök vizsgálatát célozza.
- Az MGI a Stereo-seq OMNI, a Go Spatial, a StereoLink és a VisiOmics eszközöket is bemutatta.
- A fejlesztés célja a génexpressziós mintázatok szélesebb szöveti kontextusban történő vizsgálata.
Nagyobb terület egyetlen térbeli kísérletben
Az MGI Tech október 8-án, a térbeli biológiával foglalkozó Európai Társaság, az ESSB harmadik konferenciáján mutatta be Stereo-seq OMNI Large Chip Design for FFPE nevű fejlesztését. A rendezvényt szeptember 28. és október 1. között tartották a Barcelona közelében található Sitgesben.
A megoldás formalinnal fixált, paraffinba ágyazott, vagyis FFPE-mintákhoz készült. Az ilyen szöveteket széles körben használják a kutatásban, mivel megőrzik a morfológiai jellemzőket, és lehetővé teszik archivált minták vizsgálatát is. A hagyományos rögzítési területek ugyanakkor korlátozhatják a nagyobb vagy szerkezetileg összetett szövetrészek áttekintését.
Az új kialakítás a Stereo-seq OMNI V1.1-re épül, és legfeljebb 2×3 centiméteres chipformátumokhoz készült. Az MGI szerint így nagyobb szövetek, több metszet vagy szöveti mikrotömbök is vizsgálhatók. A molekuláris mérések és a szöveti morfológia összekapcsolásával a kutatók összehasonlíthatják ugyanazon minta különböző régióit, és elemezhetik a sejtcsoportok eloszlását.
Tumorok, fejlődő szövetek és immunrendszeri folyamatok
A nagyobb befogási terület azoknál a kutatásoknál lehet hasznos, amelyekben a vizsgált jellemzők túlmutatnak a hagyományos látómezőn. A közlemény példaként említi a daganatkutatást, ahol a kutatók a tumor régióit a környező szövettel együtt vizsgálhatják, beleértve azokat a határterületeket is, ahol különböző sejtnépességek lépnek kapcsolatba.
A fejlesztés a fejlődésbiológiai és immunológiai vizsgálatokban is alkalmazható lehet. Ezekben a kutatók nagyobb szövetrészeken követhetik a sejtek állapotát vagy az immunrendszer szerveződését. Az MGI közlése szerint a kialakítás úgy ad több teret a térbeli kérdések vizsgálatához, hogy közben megőrzi a helyi mintázatok elemzéséhez szükséges felbontást.
A szélesebb befogási terület csökkentheti annak szükségességét is, hogy a kutatók különálló szövetrégiókból származó adatokat illesszenek össze, amikor a köztük fennálló kapcsolat a kutatási kérdés része.
A Stereo-seq munkafolyamat további eszközei
Az ESSB konferencián az MGI a Stereo-seq teljesebb munkafolyamatát is bemutatta. A Stereo-seq OMNI FFPE-szövetek teljes RNS-ének profilozását támogatja, a Go Spatial pedig automatizálja a képalkotás utáni minta-előkészítést FFPE- és frissfagyasztott minták esetén.
A StereoLink olyan FFPE-szövetátviteli megoldás, amely a hematoxilin-eozin, vagyis H&E festés alapján végzett átvitelben segít a hagyományos tárgylemezekről a Stereo-seq chipekre. A vállalat szerint ehhez a rendszerhez korai hozzáférési lehetőségek is elérhetők.
Az MGI a VisiOmics, más néven PMIF-20RS rendszert is kiemelte. Ez automatizált multiplex immunfluoreszcens festést és képalkotást végez térbeli proteomikai vizsgálatokhoz. A rendszer fehérjemarkereket és sejtfenotípusokat térképez fel szövetmetszeteken, köztük FFPE-mintákon, így a Stereo-seq térbeli génexpressziós adatai mellett fehérjeszintű nézőpontot is adhat.
Az MGI szerint a szélesebb térbeli kontextus a cél
„A kutatóknak egyre inkább arra van szükségük, hogy lássák, hogyan kapcsolódnak egymáshoz a molekuláris jelek nagyobb szövetterületeken”, mondta Fang Chen, az MGI alelnöke, valamint európai és afrikai üzletágának vezérigazgatója. Hozzátette: „Az FFPE-hez készült nagy chipkialakítás célja, hogy segítsen ezeket a kapcsolatokat szélesebb térbeli kontextusban vizsgálni.”
A konferencia lehetőséget adott a kutatóknak arra is, hogy az MGI szakembereivel a mintaválasztásról, a vizsgálatok megtervezéséről és az adatelemzési igényekről egyeztessenek. A közlemény szerint a szövetek mérete és minősége, valamint a vizsgált jellemzők elhelyezkedése mind befolyásolja a térbeli kutatások megtervezését.
Az új chipkialakítás az MGI térbeli transzkriptomikai portfólióját bővíti, és azoknak a kutatási projekteknek szól, amelyekben a szöveti felépítés nagyobb léptékű áttekintése szükséges. A vállalat tudományos előadásokat és alkalmazási példákat is bemutatott arról, hogyan kapcsolhatók össze a térbeli adatok más molekuláris módszerekkel a szöveti heterogenitás vizsgálatában.
PR Newswire: MGI Tech Launches Stereo-seq OMNI Large Chip Design for FFPE at ESSB 2026
